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SMA携带者检出率提高到98%以上,贝瑞基因发力单基因全病种三代测序

作者:于娜

来源:华夏时报

发布时间:2022-07-01 20:24:57

摘要:贝瑞基因三代SMA基因筛查相比qPCR、MLPA等传统检测方法,覆盖更全面,检测更精准。

SMA携带者检出率提高到98%以上,贝瑞基因发力单基因全病种三代测序

华夏时报(www.chinatimes.net.cn)记者 于娜 北京报道

三代测序技术的一小步,被认为是人类基因组的一大步。

贝瑞基因在6月30日的媒体开放日活动上,向外界公布了三代测序科研的最新进展:由公司参与完成的三代SMA(脊髓性肌萎缩症)临床回顾性研究成果,近期发表于分子诊断领域权威国际学术期刊 Journal of Molecular Diagnostics(即时IF=5.568)。

此次研究也证明,贝瑞基因三代SMA基因筛查相比qPCR、MLPA等传统检测方法,覆盖更全面,检测更精准。

事实上,三代SMA只是贝瑞基因三代测序临床转化体系中的一块拼图,无论是科研还是产品落地,都远远不止于此。贝瑞基因已将三代测序技术触达多种罕见病,地中海贫血、先天性肾上腺皮质增生症(CAH)、脊髓性肌萎缩症(SMA)等的三代产品相继落地,其中,三代地贫检测试剂盒近期取得医疗器械注册伦理批件,进入临床试验阶段。

“我们希望能够将这些非常好的技术,用于未来为中国的携带者筛查做好相关的技术储备,和加速检测场景落地。” 贝瑞基因董事长、总经理高扬向《华夏时报》记者表示,单个遗传病的发病率虽然相对不高,但对每个生命和家庭都是很大的危害,治疗和康复的效果也并不好,关键在携带者筛查或者孕早期的二级防治场景,形成更有效的防治措施。

三代测序技术更精准狙击SMA

因“天价救命药”屡屡登上热搜的SMA到底是一种什么病?SMA即脊髓性肌萎缩症(Spinal Muscular Atrophy),是一类由脊髓前角运动神经元变性导致肌无力和肌萎缩的遗传性肌肉疾病。SMA为婴幼儿中第二常见的致死性常染色体隐性遗传病,人群携带率为1/72-1/47,发病率为1/10000-1/6000。

国内SMA患者目前有两种治疗药物可选择,一种即是被患者称为“天价救命药”的诺西那生钠注射液,每针价格曾接近70万元,后经国家医保局谈判代表的“灵魂砍价”,直降到3.3万元每针。另外一种就是利司扑兰口服溶液,今年6月药企主动将其价格降为每瓶1.45万元。

虽然SMA治疗药物已纳入医保或正在积极进入医保的路上,但其终生治疗费用对大部分家庭而言,仍然十分昂贵,且患者的治疗为修正治疗而不能根治。因此,SMA携带者筛查才是最有效的应对方式。

据介绍,SMA携带者分三种情况:91-94%的携带者只有一个正常功能的SMN1拷贝(1+0),2-5%的携带者含有两个SMN1拷贝,但其中一个包含致病点突变(1+1D),另外4%为沉默型携带者,即有两个SMN1拷贝,但都位于同一条染色体上(2+0)。目前qPCR、MLPA等传统基因检测方法无法检测1+1D和2+0携带者,残余风险最高可达1/415(1/1245-1/415)。

以此次临床回顾性研究的数据予以佐证,贝瑞基因三代事业部总监任志林表示,三代测序具有超长读长、无GC偏好、对高度重复等复杂区域也能够准确测序等技术优势。

贝瑞基因开发出的三代SMA基因全面检测(Comprehensive analysis of SMA, CASMA)技术,全球首次实现SMN1及SMN2基因近30kb全长序列的高效率三代HIFI测序。CASMA还能同时检测SMN1及SMN2基因拷贝数、全基因范围内致病性SNVs及Indels,并主动提示沉默型“2+0”的携带风险。

此次三代SMA回顾性临床研究显示,CASMA一次性精准检测所有337例样本的SMN1及SMN2基因拷贝数,对SMN1拷贝数缺失的检测灵敏度高达100%。CASMA还成功检测出4例会被qPCR、MLPA等传统方法漏检的SMN1基因点突变携带者(1+1D)。通过专利分析方法,CASMA直接预测出全部7例(来自4个家系)已知“2+0”型携带者。

研究数据显示,CASMA能大大改善SMA患者基因诊断及预后判断,提高SMA新生儿基因筛查效率,将携带者检出率从91-94%提高到98%以上,将残余风险降低4-5倍。

对于成本问题,现阶段三代全基因组测序成本仍然比二代高很多,但针对目标单病区域进行检测,可大大降低检测成本。任志林表示,随着三代测序技术成本持续下降,2025年将实现与二代测序成本持平。

一键解决单基因全病种检测还远吗

三代测序的下一站应用场景,“一键解决”单基因全病种检测才是贝瑞基因的终极目标。

不久前,由贝瑞基因提供技术支持的三代CAH(先天性肾上腺皮质增生症)临床回顾性研究成果,发表于检验医学领域权威国际学术期刊Clinical Chemistry(即时IF=11.784)。

更早一些,2021年上半年,贝瑞基因发起了地中海贫血基因图谱(TiGA)计划。2021年7月,由贝瑞基因提供技术支持的三代地贫多中心临床前瞻性研究成果在The Journal of Molecular Diagnostics 上发表。

一系列临床科研成果出炉,还有21台 PacBio Sequel II/IIe 三代测序仪雄厚储备的加持,贝瑞基因已将三代测序技术触达多种罕见病,三代地贫、三代CAH、三代SMA等产品相继落地。其中,三代地贫检测试剂盒近期取得医疗器械注册伦理批件,进入临床试验阶段。三代CAH和三代SMA技术则在2022年双双取得发明专利证书。

贝瑞基因介绍,因为公司的各种产品是高度兼容,所以更容易实现一次性解决多种疾病,而从一到多,准确性不会受到影响。至于市场方面,在贝瑞基因看来,未来最大的应用场景还是携带者筛查,随着数据量越来越大,得到更广泛的临床认可,市场也将迎来爆发。

正是有了三代测序这个不错的着力点,贝瑞基因表示,将始终以临床需求为中心,在科研、硬件和产品三个维度做文章,以全产业链布局,为大众带来全生命周期健康管理。

高扬表示:“我们非常希望能抓住技术跃迁的机遇,在未来的临床场景做到全基因病的筛查和未明确疾病的诊断,成为临床和患者之间的桥梁,践行企业使命,实现价值增长。”

责任编辑:郭怡琳 主编:陈岩鹏


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